Ya incorporado a las filas policiales, conformando el 'Batallón Guardias de Arequipa', pronto se distinguió entre sus compañeros de armas por sus innegables virtudes personales, así como por el eficiente cumplimiento de sus deberes. En esta situación lo encuentra la infausta Guerra con Chile, en 1879, cuando frisaba los 30 años de edad.
Mariano Santos combatió en la batalla de Tarapacá, bajo las ordenes de Francisco Bolognesi, y en esta gran victoria peruana capturó el estandarte chileno del regimiento Segundo de Linea, aquel 27 de noviembre de 1879. También luchó en la batalla del Alto de la Alianza (26 de mayo de 1880) donde fue gravemente herido.
Mariano Santos, llamado también "El Valiente de Tarapacá" falleció en el Cusco el año 1900, a la edad de 50.
